Mikhael được quần thần tôn làm Hoàng đế ngay tức khắc trong khi vẫn còn bị xiềng xích quanh chân. Sau đó cùng ngày, ông đã được viên Thượng phụ Theodotos I thành Constantinopolis làm lễ đội vương miện. Về chính sách đối nội của mình, Mikhael II tỏ ra ủng hộ việc bài trừ thánh tượng, nhưng ông lại mặc nhiên khuyến khích hòa giải với phái tôn thờ thánh tượng, như dừng lại việc khủng bố và cho phép họ trở về từ chốn lưu đày. Số này gồm nguyên Thượng phụ Nikephoros và Theodore Stoudios, người đã thất bại khi cố sức khuyên nhủ hoàng đế từ bỏ phong trào bài trừ thánh tượng. Một trong số các nạn nhân trong chính sách của Hoàng đế là Thượng phụ tương lai Methodios I.

Việc Mikhael lên ngôi đã khơi gợi lòng tham muốn từ chiến hữu cũ của mình là Thomas gốc Slav, ông này bèn tự lập làm hoàng đế đối nghịch ở Anatolia và chuyển quân thành công vào xứ Thracia và bắt đầu vây hãm thủ đô Constantinopolis vào tháng 12 năm 821. Mặc dù Thomas không giành được sự ủng hộ nào từ một số thema Anatolia, ông vẫn đảm bảo sự trợ giúp từ hải quân các thema và tàu chiến của họ, cho phép Thomas thắt chặt vòng vây tại Constantinopolis. Để tranh thủ được dư luận ủng hộ, Thomas bèn rêu rao mình là người bênh vực cho dân nghèo, cam kết giảm bớt thuế má và kết làm đồng minh với Al-Ma'mun của nhà Abbasid, rồi mới tự lập làm Hoàng đế với sự tham gia của viên Thượng phụ Antiochia Job.

Mikhael II cũng nhận được sự trợ giúp hữu hiệu của vua Omurtag nước Bulgaria láng giềng. Nhờ đó mà ông đã ép Thomas phải từ bỏ vây hãm Constantinopolis vào mùa xuân năm 823. Mikhael dồn hết quân của mình vây chặt lực lượng của Thomas ở Arkadiopolis (Lüleburgaz) và buộc ông ta phải đầu hàng vào tháng 10 cùng năm. Mikhael vốn dĩ được thừa hưởng một đội quân yếu kém và không thể ngăn chặn sự việc 10.000 quân Ả Rập (với 40 chiến thuyền),[1] đã thừa cơ xâm chiếm đảo Kríti vào năm 824, dù hoàng đế đã cố tìm cách chiếm lại hòn đảo này qua cuộc viễn chinh năm 826 nhưng đều chuốc lấy thất bại. Năm 827, người Ả Rập lợi dụng tình trạng dân địa phương đấu đá hỗn loạn đã đem quân xâm chiếm Sicilia và kéo tới vây thành Siracusa.

Sau cái chết của Thekla khoảng năm 823, Mikhael II đã kết hôn với Euphrosyne, con gái của Konstantinos VI và Maria xứ Amnia. Cuộc hôn nhân này có lẽ nhằm dự định củng cố vị thế Hoàng đế của Mikhael nhưng lại vấp phải sự chống đối trong hàng ngũ giáo sĩ, do trước đây Euphrosyne đã từng là một nữ tu. Ít lâu sau Mikhael II lâm bệnh qua đời vào ngày 2 tháng 10 năm 829.

Do xuất xứ dân Do Thái-Kitô giáo và thuộc phái bài trừ thánh tượng, Mikhael II không được lòng giới giáo sĩ Chính Thống giáo, họ miêu tả ông như một tên nông dân dốt nát và kém học thức, nhưng Mikhael II thực chất lại là một chính khách và nhà quản lý tài ba. Ông đã mang lại sự ổn định cho toàn thể Đế quốc Đông La Mã lần đầu tiên trong nhiều thế hệ và bắt đầu khôi phục lại sức mạnh quân đội Đông La Mã. Hệ thống chính quyền và quân sự do một tay Mikhael II gây dựng nên đã cho phép đế chế dưới thời cháu nội của ông là Mikhael III chiếm thế thượng phong trong cuộc tranh bá với vương triều Abbasid và đủ sức trụ vững trước những thăng trầm của đời sống cung đình Đông La Mã. Hậu duệ trực tiếp của Mikhael II, triều đại Amoria nối tiếp cái gọi là triều đại Makedonia, đã trị vì đế chế trong hơn hai thế kỷ mở đầu cho thời kỳ Phục Hưng Đông La Mã thế kỷ thứ 9 và thứ 10.